Prodi Kedokteran dibentuk dengan tujuan untuk mencetak lulusan dokter yang mampu menguasai berbagai aspek kompetensi sesuai dengan Standar Kompetensi Dokter Indonesia termasuk profesionalitas tinggi, kesadaran diri dan kemampuan pengembangan diri, kemampuan berkomunikasi secara efektif, pemahaman sains dan landasan ilmiah, keterampilan klinis, pengelolaan masalah kesehatan, pengelolaan keadaan darurat, manajemen pelayanan kesehatan, pengabdian kepada masyarakat, dan berkontribusi dalam penelitian. Selain itu, lulusan dokter ITS juga diharapkan dapat memenuhi persyaratan Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia level 7. Program Studi Kedokteran dan Pendidikan Profesi Dokter ITS juga akan mencetak lulusan dokter yang memiliki kompetensi unggulan berupa penguasaan literasi teknologi 4.0 yang bisa memberikan nilai tambah di bidang kedokteran pencegahan, dalam memberikan pelayanan kesehatan di Indonesia lebih baik.