Laboratorium anatomi mempelajari tentang struktur tubuh manusia secara makroskopis mulai dari kepala hingga kaki. Laboratorium anatomi dilengkapi dengan beberapa alat peraga (manekin), diantaranya: manekin sistem otot, manekin telinga, bola mata, otak, sistem urinari, sistem peredaran darah, sistem saraf, dan manekin kerangka manusia full-body.

Laboratorium anatomi  terpisah dari gedung kuliah Fakultas Kedokteran dan Kesehatan. Laboratorium tersebut terletak di seberang gedung PPNS (Politeknik Perkapalan Negeri Surabaya). Laboratorium ini terdiri dari ruang penyimpanan kadaver dan ruang praktikum anatomi yang dilengkapi lemari penyimpanan kadaver, meja pemeriksaan kadaver, kolam formalin, safety shower, dan tempat pembusukan. Ruang praktikum anatomi mampu menampung hingga 40 mahasiswa.