Dalam menjalankan kegiatan operasionalnya Desain Produk-ITS telah membentuk struktur organisasi yang kompatibel dengan struktur organisasi ITS. Dalam pelaksanaan program Sarjana (S1) Desain Produk-ITS, Kepala Departemen dibantu oleh Sekretaris Departemen, Kepala dan Sekretaris program sarjana (S1), kepala laboratorium yang bertanggung jawab atas Kepemimpinan Operasional di Laboratorium dan Kepala sub bagian tata usaha (Kasubag TU) yang membantu dalam Sumber Daya Keuangan. Dalam melakukan kegiatan akademik, Kepala Program Sarjana (S1) berkoordinasi dengan kepala RMK (Kepala Kursus Cluster) dalam merumuskan dan mengevaluasi kurikulum.