Proses pendaftaran dan pendaftaran mahasiswa baru Departemen Fisika dilaksanakan secara terpusat oleh ITS.
Untuk Program Sarjana dilaksanakan oleh Direktorat Pendidikan ITS.
Sedangkan untuk Program Pascasarjana dilaksanakan oleh Direktorat Pascasarjana dan Pengembangan Akademik ITS.