Program Magister (S2) merupakan program pendidikan lanjutan yang diperuntukkan bagi mahasiswa yang telah menyelesaikan pendidikan awal (setara dengan sarjana S1). Mahasiswa Program Magister diharuskan untuk menyelesaikan beban kredit antara 40-50 SKS sesuai dengan departemen masing-masing dan ditempuh dengan waktu studi normal selama 4 semester (2 tahun). Beban kredit tersebut terdiri atas mata kuliah utama, mata kuliah pendukung, penelitian, dan penulisan tesis sesuai dengan kurikulum. Program Magister juga memiliki bidang kompetensi sesuai dengan fokus keahlian masing-masing. Program Magister ITS menyediakan 20 pilihan program studi yang dapat dipilih berdasarkan 6 bidang Fakultas. Fakultas Sains dan Analitika Data menyediakan 5 program studi magister. Fakultas Teknologi Industri dan Rekayasa Sistem menyediakan 5 program studi magister. Fakultas Teknik Sipil, Perencanaan dan Kebumian menyediakan 4 program studi magister. Fakultas Teknologi Kelautan menyediakan 2 program studi magister. Fakultas Teknologi Elektro dan Informatika Cerdas menyediakan 3 program studi magister. Fakultas Desain Kreatif dan Bisnis Digital menyediakan 1 program studi magister. Untuk informasi lebih lanjut tentang aplikasi dan persyaratan program magister dapat diperoleh di SMITS.