Dalam menjalankan kegiatan operasionalnya Departemen Kimia-ITS telah membentuk struktur organisasi yang kompatibel dengan struktur organisasi ITS. Dalam pelaksanaan program ITS, Kepala Departemen dibantu oleh Sekretaris Departemen, Kepala program Studi, Kepala laboratorium yang bertanggung jawab atas Kepemimpinan Operasional di Laboratorium dan Kepala staf non akademik (Kasubag TU) yang membantu dalam Sumber Daya Keuangan, Organisasi serta Sarana Prasarana Departemen
Kepala Departemen Kimia FSAD ITS periode 2025-2029 adalah Wahyu Prasetyo Utomo, S.Si., M.Si., Ph.D., sementara Sekretaris Department Kimia adalah Zjahra Vianita Nugraheni., S.Si., M.Si.
Departemen Kimia FSAD ITS terdiri dari 4 program studi, yakni:Program Studi S1 Kimia (Akreditasi Unggul, ASIIN)
- Program Studi S1 Sains Analitik dan Instrumentasi Kimia (SAIK) (Akreditasi Baik)
- Program Studi S2 Kimia (Akreditasi Unggul, ASIIN)
- Program Studi S3 Ilmu Kimia ((Akreditasi Unggul)
masing-masing program studi strata sarjana (S1) dipimpin oleh seorang kepala program studi (kaprodi), sementara program studi S2 dan S3 dipimpin oleh seorang kaprodi pascasarjana.
Daftar kepala program studi:
- Program Studi S1 Kimia: Prof. Dr. Yuly Kusumawati, S.Si., M.Si.
- Program Studi S1 SAIK: Prof. Yatim Lailun Ni’mah, S.Si., M.Si., Ph.D.
- Program Studi Pascasarjana: Prof. Dr. Didik Prasetyoko, M.Sc.
Kepala staf non akademik (Kasubag TU) Departemen Kimia dijabat oleh Kepala Sub Bagian Tata Usaha, Teguh Haryono, S.Sos.
Koordinator Kimia 1: Zeni Rahmawati, S.Si., M.Si., Ph.D.
Liaison officer (LO) Internasionalisasi: Grasianto, S.Pd., M.Sc., Ph.D. dan Rachmannu Ilham, S.T.