Dalam menjalankan kegiatan operasionalnya Departemen Teknik Komputer ITS telah membentuk struktur organisasi yang kompatibel dengan struktur organisasi ITS. Dalam pelaksanaan program Departemen Teknik Komputer ITS, Kepala Departemen dibantu oleh Sekretaris Departemen, Kepala staf non akademik (Kasubbag TU) yang membantu dalam Sumber Daya Keuangan. Dalam melakukan kegiatan akademik dan operasional, Kasubbag akan dibantu oleh para staf dengan fungsi staf masing-masing.