Pengelola Departemen Matematika terdiri atas Kepala Departemen, dibantu oleh Komisi Pertimbangan Departemen, Sekretaris Departemen, Kepala Rumpun Mata Kuliah, Koordinator PSMM-ITS, Koordinator Program Studi S1, Sekretaris Program S1, dan beberapa Kepala Laboratorium. Rumpun Mata Kuliah terdiri dari rumpun Analisis dan Aljabar Terapan, rumpun Matematika Terapan, dan rumpun Ilmu Komputer (Komputasi). Laboratorium terdiri dari (1) Laboratorium Analisis, Aljabar dan Pembelajaran Matematika, (2) Laboratorium Pemodelan dan Simulasi, (3) Laboratorium Matematika Industri dan Keuangan, (4) Laboratorium Pemrograman dan Komputasi Visual, serta (5) Laboratorium Pembelajaran Mesin dan Big Data.