Sesuai dengan OTK ITS tanggung jawab dalam mengelola jurusan berada di tangan Kepala Departemen dibantu Sekretaris Departemen. Kepala Departemen bertanggung jawab memimpin jurusan untuk mewujudkan visi dan misi Departemen yang juga merupakan cerminan dari visi dan misi Fakultas serta ITS. Untuk mewujudkan visi dan misi, Kepala Departemen menggerakkan dan memobilisasi semua unsur, baik dosen, tenaga kependidikan, serta mahasiswa. Langkah mendasar yang dilakukan adalah merumuskan struktur organisasi jurusan sesuai OTK ITS, merumuskan program kerja yang terstruktur dari visi-misi, menetapkan pembagian tugas yang jelas untuk setiap unit berdasarkan program kerja yang ditetapkan, merumuskan penganggaran, melaksanakan monitoring dan evaluasi, serta menyusun pertanggungjawabannya secara administratif dan keuangan kepada pimpinan dalam hal ini pihak dekanat dan rektorat.

• Kepala Departemen   : Cahyono Susetyo, ST, M.Sc., PhD
• Sekretaris Departemen   : Surya Hadi Kusuma, ST, MT
• Kepala Program Studi Sarjana   : I Dewa Made Frendika Septanaya, ST, MT, MSc, Ph.D
• Kepala Program Studi Pascasarjana   : Belinda Ulfa Aulia, ST, M.Sc, Ph.D
• Kasubbag Umum   : M. Arief Boedilaksono, S.Si.

Laboratorium :

• Ketua Laboratorium Transportasi dan Analisa Spasial : Siti Nurlaela, ST, M.COM, Ph.D
• Ketua Laboratorium Pengembangan Wilayah, Pesisir dan Lingkungan : Dr. Ir. Eko Budi Santoso, Lic,Rer,Reg
• Ketua Laboratorium Pengembangan Perkotaan dan Desain : Prananda Navitas, S.T., M.Sc., Ph.D.