Dalam menjalankan kegiatan operasionalnya Departemen Teknik Transportasi Laut telah membentuk struktur organisasi yang kompatibel dengan struktur organisasi Institut Teknologi Sepuluh Nopember Surabaya. Dalam pelaksanaan program, Kepala Departemen dibantu oleh Sekretaris Departemen, kepala laboratorium yang bertanggung jawab atas kepemimpinan operasional di laboratorium dan Kepala staf non akademik (Kasubbag TU) yang membantu dalam Sumber Daya Keuangan. Dalam melakukan kegiatan akademik, Kepala Departemen berkoordinasi dengan kepala RMK (Rumpun Mata Kuliah) dalam merumuskan dan mengevaluasi kurikulum.