Laboratorium di Departemen Sistem Informasi (DSI) dikelompokkan menjadi 2 bagian, yaitu: laboratorium pembelajaran (atau praktikum) dan laboratorium penelitian. DSI mempunyai 3 laboratorium pembelajaran yang disebut studio, yaitu: studio pemrograman, studio aplikasi terapan, dan studio sistem operasi. JSI juga memiliki 5 laboratorium penelitian, yaitu: Manajemen Sistem Informasi, Akuisisi Data dan Deseminasi Informasi, Infrastuktur dan Keamanan TI, Sistem Enterprise, dan Rekayasa Data & Intelegensi Bisnis.

Laboratorium pembelajaran atau studio dapat digunakan oleh semua dosen dan mahasiswa untuk keperluan pembelajaran (praktikum), khususnya terkait dengan mata kuliah pemrograman, jaringan omputer, dan perencanaan sumber daya perusahaan. Laboratorium pembelajaran juga digunakan untuk sarana pendukung pembelajaran dan layanan akses internet secara mandiri di luar jam praktikum misalnya pengerjaan tugas-tugas kuliah mahasiswa. Sedangkan laboratorium penelitian digunakan untuk menunjang penelitian dosen dan pengerjaan tugas akhir atau tesis mahasiswa yang bidang keahliannya sesuai untuk pengerjaan tugas kuliah ataupun tesis. Dengan demikian diharapkan knowledge sharing dapat terjadi antar mahasiswa dan dosen yang memiliki minat dan keahlian sama.

Semua laboratorium telah dilengkapi dengan perangkat keras dan perangkat lunak, serta terhubung ke jaringan ompu ITS dan internet.dihubungkan melalui jaringan komputer