Sejalan dengan Struktur Organisasi dan Tata Kelola ITS pada periode 2025-2029, Departemen Statistika melakukan perubahan struktur organisasi. Saat ini Departemen Statistika dipimpin oleh seorang Kepala Departemen dan seorang Sekretaris Departemen. Program Studi Pascasarjana, yang terdiri dari Program Studi S2 Statistika dan S3 Ilmu Statistik, dikelola oleh Kepala Program Studi Pascasarjana. Ada dua Program Studi Sarjana yang masing-masing dipimpin oleh Kepala Program Studi S1 Statistika dan Kepala Program Studi S1 Sains Data. Ada lima laboratorium yang mana masing-masing dipimpin oleh seorang Kepala Laboratorium. Subkoordinasi terkait dengan administrasi diatur oleh Kepala Subbagian untuk melaksanakan operasional administrasi. Struktur organisasi lengkap Departemen Statistika ITS adalah sebagai berikut.