Pada awalnya Statistika merupakan salah satu bidang peminatan di Jurusan Matematika Fakultas Ilmu Pasti dan Ilmu Alam (FIPIA) ITS. Seiring dengan perkembangan kebutuhan di masyarakat, Bidang Peminatan Statistika akhirnya berkembang menjadi Jurusan Baru di FIPIA ITS. Mulai tahun 1983 Jurusan Statistika secara resmi berdiri bersamaan dengan perubahan nama FIPIA menjadi FMIPA (Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam) ITS. Berdirinya Jurusan Statistika FMIPA ITS didasarkan pada: PP No 5 tahun 1980, PP No 27 tahun 1981, dan Keppres No 58 tahun 1982.Untuk memenuhi kebutuhan Ahli Statistika di tingkat Madya, pada tahun 1981 Jurusan Statistika membuka Program Studi Diploma-III (D-III) Statistika yang disahkan dengan SK Direktur Jendral Pendidikan Tinggi (Dirjen DIKTI), Nomor: 116/DKTI/Kep/1984. Seiring dengan semakin berkembangnya kebutuhan akan peningkatan kompetensi statistika dan peningkatan jenjang pendidikan di Indonesia, pada Tahun 1999Jurusan Statistika mendirikan Program Studi Magister (S-2) Statistika. Program Studi S-2 Statistika berdiri berdasarkan SK Dirjen DIKTI Nomor: 253/DIKTI/Kep/1999. Selanjutnya, pada tahun 2006 Jurusan Statistika membuka Program Doktor (S-3) Statistika. Berdirinya Program Doktor Statistika didorong oleh keinginan agar potensi Jurusan Statistika ITS yang semakin berkembang dapat memberikan kemanfaatan optimal bagi pengembangan ilmu statistika di Indonesia. Program Studi S-3 disahkan oleh Dirjen DIKTI dengan SK Nomor: 3795/D/T/2006. Dengan demikian sejak tahun 2006 Jurusan Statistika FMIPA ITS memiliki 4 program pendidikan yaitu : Program Diploma-III (D-III), Program Sarjana (S1), Program Magister (S2), Program Doktor (S3).

Pada awal tahun 2017, Program Diploma-III (D-III) berpindah ke Fakultas Vokasi (FV) dan berubah menjadi Departemen Statistika Bisnis. Jurusan Statistika FMIPA, pada tanggal 1 September 2017 berbah menjadi Departemen Statistika Fakultas matematika, komputasi dan sains data (FMKSD) dengan 3 program Pendidikan:

1. Program Sarjana (S1)
   • Akreditasi A (BAN PT)
   • Sertifikasi internasional Asean University Network – Quality Assurance (AUN-QA)
2. Program Magister (S2)
   • Akreditasi A (BAN PT)
3. Program Doktor (S3)
   • Akreditasi A (BAN PT)

Dalam perkembangannya, pada tahun 2019, Departemen Statistika membuka Program Sarjana Internasional atau International Undergraduate Program (IUP). Program ini diperuntukkan baik bagi mahasiswa Indonesia maupun mahasiswa internasional, dengan Bahasa Inggris sebagai bahasa pengantar. Pada tahun 2021 Prodi S1 dan S2 Statistika mendapatkan akreditasi Internasional