Dalam menjalankan kegiatan operasionalnya Departemen Teknik Elektro ITS telah membentuk struktur organisasi yang kompatibel dengan struktur organisasi ITS. Dalam pelaksanaan program Departemen Teknik Elekto ITS, Kepala Departemen dibantu oleh Sekretaris Departemen, Kepala program pascasarjana, kepala laboratorium yang bertanggung jawab atas Kepemimpinan Operasional di Laboratorium dan Kepala staf non akademik (Kasubag TU) yang membantu dalam Sumber Daya Keuangan.