Departemen Teknik Fisika dipimpin oleh seorang kepala Departemen dengan membawahi satu kepala program studi dan dua orang sekretaris departemen. Selain itu, kepala Departemen juga membawahi tujuh kepala laboratorium yang didalamnya juga mempunya stuktur organisasi tersendiri. Departemen Teknik Fisika juga dibantu oleh beberapa staf yang bertugas dalam admnistrasi Departemen