Departemen Teknik Fisika dipimpin oleh seorang kepala Departemen. Program Sarjana diketuai oleh kepala program studi sarjana. Program pascasarjana diketuai oleh prodi pascasarjana. Terdapat sekretaris departemen, dengan pembagian tugas yakni:

Kepala Program Studi Sarjana/Pascasarjana melingkupi bidang akademik, kemahasiswaan, penelitian, dan pengabdian pada masyarakat

Sekretaris Departemen melingkupi bidang sumber daya keuangan, sumber daya manusia, dan sarana prasarana

Selain itu, kepala Departemen membawahi kepala subbagian departemen, yang juga bertanggung jawab kepada kepala bagian fakultas. Koordinator TKK departemen bertanggung jawab kepada sekdep . Departemen Teknik Fisika memiliki enam laboratorium yang didalamnya juga mempunya stuktur organisasi tersendiri. Departemen Teknik Fisika juga dibantu oleh beberapa staf yang bertugas dalam admnistrasi Departemen