Organisasi Departemen Teknik Geofisika (DTG) mengacu Perek ITS no.25 tahun 2019 tentang OTK Fakultas di lingkungan ITS dimana dalam menjalankan kegiatan operasionalnya DTG telah membentuk struktur organisasi yang kompatibel dengan struktur organisasi Institut Teknologi Sepuluh Nopember Surabaya. Dalam pelaksanaan program, Kepala Departemen dibantu oleh Sekretaris Departemen, Kepala Laboratorium yang bertanggung jawab atas kepemimpinan operasional di laboratorium, Koordinator Kemahasiswaan yang bertanggung jawab atas pengelolaan kegiatan kemahasiswaan, Liason Officer yang bertanggung jawab atas pengelolaan kegiatan internasional, Koordinator Jurnal yang bertanggung jawab atas pengelolaan jurnal Geosaintek, dan Kasubbag yang bertanggung jawab atas kepemimpinan terhadap tenaga kependidikan. Dalam pengendalian dan penjaminan mutu bidang akademik, terdapat Penjaminan mutu departemen yang diketuai oleh Sekretaris Departemen dan dibantu ketua RMK/Kalab.