Dalam menjalankan kegiatan operasionalnya DTIS-ITS telah membentuk struktur organisasi yang kompatibel dengan struktur organisasi ITS. Dalam pelaksanaan program DTIS-ITS, Kepala Departemen dibantu oleh Sekretaris Departemen, Kepala Program Studi Diploma Tiga (D3), Kepala Program Studi Diploma Empat (D4), kepala laboratorium yang bertanggung jawab atas Kepemimpinan Operasional di Laboratorium dan Kepala staf non akademik (Kasubag TU) yang membantu dalam Sumber Daya Keuangan. Dalam melakukan kegiatan akademik, Kepala Program Studi berkoordinasi dengan kepala RMK (Kepala Kursus Cluster) dalam merumuskan dan mengevaluasi kurikulum.