Dalam menjalankan kegiatan operasionalnya Departemen Teknik Kelautan ITS (DTK-ITS) telah membentuk struktur organisasi yang kompatibel dengan struktur organisasi ITS. Dalam pelaksanaan program Departemen Teknik Kelautan (DTK-ITS), Kepala Departemen dibantu oleh Sekretaris Departemen 1 (Bidang Akademik dan Kemahasiswaan), Sekretaris Departemen 2 (Bidang SDM dan Keuangan), Kepala Program Studi S1 Teknik Lepas Pantai (TLP), Kepala Program Studi Pascasarjana (S2 dan S3), Kepala Laboratorium yang bertanggung jawab atas Kepemimpinan Operasional di Laboratorium dan Kepala staf non akademik (Kasubag TU) yang membantu dalam Sumber Daya Keuangan.