Laboratorium ini merupakan salah satu tulang punggung ITS dan Indonesia dalam pengujian dan pengembangan berbagai desain kapal. Dibangun pada tahun 1986 sebagai hibah dari Pemerintah Jerman dan diakui oleh ITTC pada tahun 1993. Fasilitas utama dari laboratorium hidrodinamika ini adalah sebuah towing tank yang dapat digunakan untuk pengukuran hambatan kapal, pengujian seakeeping dan maneuvering dalam skala terbatas. Laboratorium ini juga dilengkapi dengan perangkat CFD ( Computotional Fluid Dynamics) untuk menunjang penelitian dan pengembangan desain kapal yang lebih akurat.