Program Magister (S2), Terakreditasi A, Program Magister memiliki masa studi selama 2 Tahun. Pelajar Program Magister diwajibkan menempuh mata kuliah dan menghasilkan sebuah laporan penelitian (thesis) dengan total kredit sebesar 36 SKS. Program memberikan fokus kepada pengetahuan tentang Fenomena Transport, Reaksi dan Kinetika, Penukar Panas, Analisa Sistem Termal, Katalisa, serta Teknologi Pilihan. Seseorang dengan gelar sarjana (S1) dapat mengikuti pendidikan tingkat Magister setelah lulus ujian penerimaan.