Program Sarjana Teknik Lingkungan dibuka pada tahun 1983 berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 116/DIKTI/Kep/1984 dengan nama Program Studi Teknik Penyehatan. Pengelolaan Program Studi S-1 Teknik Penyehatan adalah Departemen Teknik Sipil FTSP – ITS. Kemudian pada tahun 1996 Program Studi Teknik Penyehatan berubah menjadi Program Studi Teknik Lingkungan berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 224/DIKTI/Kep/1996. Program Studi ini telah mendapat penilaian Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT) dengan peringkat Akreditasi A untuk periode 14 November 2015 – 14 November 2020 berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional No. 1155/BAN-PT/Akred/S/XI/2015 tanggal 14 November 2015.
Program Magister Teknik Lingkungan dibuka pada tahun 1999 berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 15/DIKTI/Kep/1999. Program Studi S-2 Teknik Lingkungan mempunyai dua bidang keahlian, yaitu Bidang Keahlian Teknik Lingkungan dan Bidang Keahlian Teknik Sanitasi Lingkungan. Pada Bidang Keahlian Teknik Lingkungan, dikaji berbagai permasalahan lingkungan dan solusinya dengan titik berat pada kajian akademik untuk pengembangan keilmuan. Bidang Keahlian Teknik Sanitasi Lingkungan menitikberatkan pada kajian akademik-aplikatif bidang keciptakaryaan. Bidang Keahlian ini merupakan kerjasama FTSP dengan Pusdiklat Kementerian Pekerjaan Umum RI. Program Studi S-2 telah mendapat penilaian Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT) dengan peringkat Akreditasi A untuk periode 9 Januari 2015 – 9 Januari 2020 berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional No. 005/BAN-PT/M/I/2015, tanggal 9 Januari 2015.
Program Studi S-3 Teknik Lingkungan dibuka pada tahun 2009 berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 1250/D/T/2009 tanggal 31 Juli 2009. Program studi ini menerima mahasiswa dari lulusan S-2 Teknik Lingkungan atau bidang lain yang berkaitan. Lulusan S-1 Teknik Lingkungan dengan predikat “cum laude” dan nilai Skripsi A juga dapat masuk Program Studi S-3 Teknik Lingkungan secara langsung.