Dalam menjalankan kegiatan operasionalnya, Departemen Teknik Sipil ITS telah membentuk struktur organisasi yang kompatibel dengan struktur organisasi ITS. Dalam pelaksanaan program, Kepala Departemen dibantu oleh Sekretaris Departemen, Kepala Program Studi Sarjana, Serta Kepala Program Studi Pascasarjana, Kepala Laboratorium yang bertanggung jawab atas Kepemimpinan Operasional di Laboratorium dan Kepala Subbagian Tata Usaha (Kasubag TU) yang membantu dalam Sumber Daya Keuangan. Dalam melakukan kegiatan akademik, Kepala Departemen berkoordinasi dengan Ketua RMK (Rumpun Mata Kuliah) dalam merumuskan dan mengevaluasi kurikulum.