Dalam menjalankan kegiatan operasionalnya Teknik Sipil ITS telah membentuk struktur organisasi yang kompatibel dengan struktur organisasi ITS. Dalam pelaksanaan program, Kepala Departemen dibantu oleh Sekretaris Departemen I Akademik dan Kemahasiswan, Sekretaris Departemen II Keuangan dan Umum, Serta Kepala Program Studi Pascasarjana, kepala laboratorium yang bertanggung jawab atas Kepemimpinan Operasional di Laboratorium dan Kepala staf non akademik (Kasubag TU) yang membantu dalam Sumber Daya Keuangan. Dalam melakukan kegiatan akademik, Kepala Departemen berkoordinasi dengan Ketua RMK (Rumpun Mata Kuliah) dalam merumuskan dan mengevaluasi kurikulum.

Kepala Departemen
Dr.techn. Umboro Lasminto, ST., M.Sc

Sekertaris Departemen I
Data Iranata, ST, MT, Ph.D

Sekertaris Departemen II
Dr. Catur Arif Prastyanto ST., M.Eng

Kepala Program Studi PascaSarjana :
Ir. I Putu Artama Wiguna, MT, Ph.D

Kepala Sub Bagian Tata Usaha :
Mukhammad Mazdhie, S.T., M.Med.Kom.